鱼干应存放在阴凉、通风、干燥的环境中，不要放在潮湿的地方。 保存鱼干，一定要把鱼干放在密封的袋子里，有坚固的密封包装，比如袋子，防止空气中的水分子渗入鱼干肉中。密封的鱼干制品可以在冰箱的安全室中恒温保存。如果鱼干是湿的，可以在鱼干肉外面多沾点盐，因为盐是天然防腐剂。根据民间经验，保存鱼干的方法是选择晴天，用微湿的干净抹布擦拭鱼干。把鱼干的头尾切掉(先吃)，然后把整个鱼干切成几块，用医用手动喷雾器把普通52%的白酒喷在鱼干上(不要太湿，喷上水雾就行)，然后用棉线把鱼干扎紧，装进食品袋里。然后将白酒再次喷入食品袋中，再将食品袋扎紧。最后放入冰柜。用这种方法储存的鱼干一年都不会变坏。
虽然鱼干是晒干的，便于长期保存，但鱼干毕竟是肉制品，吸水能力强，容易受潮湿环境影响发霉变质。