合同手动修改是有效的，只要合同的内容在进行修改时，当事人协商达成一致的意见，达成后对修改事项双方签字确认，这份合同就是有效的。在实际操作中，最好签订补充协议。补充协议中应注明协议修订条款，对方必须签署补充协议确认。应注明修改的时间、地点和协议的形成方法。这些足以说明补充协议是主合同的补充，与主合同具有同等效力。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》
第五百四十三条 当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条 当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
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